ゴジラのDNAから製造されたメカゴジラ『機龍』がゴジラを撃退してから1年、再び東京に迫りつつあるゴジラを迎え撃つべく政府は機龍の修復作業に追われていた。そんな折、機龍整備班員、中條義人（金子昇）の叔父、中條信一（小泉博）の元にインファント島よ…