度重なる無謀な作戦でCIA長官（アレック・ボールドウィン）からの非難を受けたスパイ組織IMFは解体を命じらるが、IMFのエージェント、イーサン・ハント（トム・クルーズ）は独断で各国の元エリート諜報部員が結成した無国籍スパイ組織「シンジケート」とそ…