1000年ぶりの彗星来訪を1カ月後に控えた日本。岐阜の山奥にある町、糸守で暮らす女子高生の宮水三葉（上白石萌音）と東京の男子高校生・立花瀧（神木隆之介）はある朝、互いに身体が入れ替わっていることに気付く。入れ替わりは１日経てば元に戻り、その時の…