カーク船長（クリス・パイン）率いる宇宙船U.S.S.エンタープライズ号は宇宙探査の旅の途中、宇宙基地ヨークタウンに寄港する。そこで異星人から未知の惑星での救難要請を受けた一行は現場へと向かうが、謎の敵クラール（イドリス・エルバ）の襲撃を受けてエ…